3x13 Passato e presente

Il detective occupatosi di investigare sull'omicidio di Johanna Beckett, madre di Kate, viene ucciso davanti agli occhi di quest'ultima e di Castle prima che possa fornire alcun indizio riguardante vicende accadute 19 anni addietro, ovvero sette anni prima dell'omicidio di Johanna Beckett. Le indagini si avviano con l'interrogatorio di un ex compagno d'accademia e amico del detective ucciso (Raglan): Beckett e Castle apprendono un primo oscuro retroscena. Durante il servizio di pattuglia, a quanto riferisce l'amico di Raglan, quest'ultimo si occupava di trasportare droga per conto di Vulcan Simons, un importante spacciatore. Si stabilisce presto il collegamento fra Vulcan Simons e Johanna Beckett: la madre di Kate, assieme ad altri, aveva infatti fondato un'associazione con il fine di cacciare degli spacciatori da un quartiere di New York. Portato in centrale il sospettato stuzzica Beckett che reagisce facendosi così togliere il caso che viene affidato a Ryan ed Esposito che, esaminando i filmati del palazzo dove il killer ha sparato, riescono a trovare una pista: l'uomo per entrare ha rubato un tesserino magnetico ma nel farlo ha toccato con una mano la donna a cui lo ha rubato; i due detective possono così risalire alle impronte digitali dell'assassino: Al Lockwood che adesso ha puntato Beckett che nel frattempo sta riesaminando assieme a Castle il caso della madre. Durante questo riesame notano i negativi di un vicolo, il luogo del delitto della madre di Beckett, cosa che porta chiedersi se non c'è un collegamento fra quel luogo e un caso che la madre stava studiando prima di essere uccisa. Il caso era quello di un agente dell'FBI ucciso di fronte all'entrata di un club, sons of palermo (I figli di Palermo), che faceva da copertura per la mafia; Raglan per quell'omicidio arrestò un uomo della mafia che confessò per evitare la pena di morte ma in realtà era sia un testimone che una vittima di un tentato rapimento, l'interrogatorio fa nascere un nuova pista anche per l'omicidio Raglan: sembra che l'agente rapisse, assieme ad altri due poliziotti, dei mafiosi per chiedere un riscatto, uno di loro è l'amico di Raglan che però confessa solo il rapimento dei mafiosi ma non l'omicidio della madre di Beckett. Chi sarà il terzo poliziotto? Chi ha ingaggiato Lockwood?